波黑地區自新石器時代就有人類居住。早期居民為伊利裡亞人。該地於公元前168年由羅馬帝國佔領。455年時東哥特人將該地區佔領，6世紀時東哥特人被東羅馬帝國擊敗，現波黑南部地區一度成為東羅馬帝國的一部分。
　　6世紀末7世紀初，部分斯拉夫人南遷到巴爾幹半島，在波斯尼亞和黑塞哥維那等地定居。阿瓦爾人於6世紀和7世紀時開始入侵，克羅地亞人和塞爾維亞人也相繼進入巴爾幹半島。在接下來的幾個世紀內，波斯尼亞以及黑塞哥維納地區多次分屬周圍的各個國家。1377年時Tvrtko Kotromanić（特弗爾特科·科特羅曼尼奇？）建立了一個獨立的波斯尼亞公國，曾是南部斯拉夫人最強盛的國家。但1463年時奧斯曼帝國入侵，波斯尼亞被兼併。
　　在奧斯曼帝國統治下，許多波斯尼亞人由基督教改信伊斯蘭教，漸漸形成了波斯尼亞穆斯林民族。雖然當地的穆斯林與塞爾維亞族人都使用塞爾維亞語，但在民俗習慣、道德標準和價值觀念等方面卻存在著較大的差異。
　　1878年波斯尼亞和黑塞哥維納成為了奧匈帝國的領地。1908年被奧匈帝國佔領。1914年6月28日，國皇子弗郎茨·費笛南在薩拉熱窩被塞族民族主義者所刺殺（參見薩拉熱窩事件），導致第一次世界大戰爆發。
　　1918年第一次世界大戰結束後，南部斯拉夫民族成立了塞爾維亞人－克羅地亞人－斯洛文尼亞人王國，1929年改稱南斯拉夫王國，波黑是其中的一部分，被劃分為幾個行政省。
　　第二次世界大戰期間，由於被德、意法西斯扶植的“克羅地亞獨立國”傀儡政權實行種族滅絕政策，30萬塞爾維亞人慘遭殺害，從此，塞爾維亞與克羅地亞兩族結下了世仇。1960年代末，當時的南領導人鐵托（克羅地亞人）和卡德爾（斯洛文尼亞人）曾決定將波黑的穆斯林為一個民族，同時鼓勵其他共和國的穆斯林加入波黑，致使波黑穆斯林人口超過塞族人口。
　　1945年，南斯拉夫各族人民取得反法西斯戰爭勝利，成立南斯拉夫聯邦人民共和國（1963年改稱南斯拉夫社會主義聯邦共和國），波黑成為南斯拉夫聯邦的一個加盟共和國，其邊界採用的是奧斯曼帝國時期的邊界，和實際民族分佈頗有出入。
　　1991年南斯拉夫社會主義聯邦共和國開始解體，波黑聯合執政的穆斯林民主行動黨、克羅地亞民主共同體和塞爾維亞民主黨在未來的國體問題上發生嚴重分歧，穆斯林族和克羅地亞族擔心受塞爾維亞控制而主張波黑獨立，塞爾維亞族則要求該共和國留在南斯拉夫內。1991年10月15日，由穆斯林和克羅地亞人佔多數的波黑議會宣佈波黑為主權國。1991年1月9日，波黑塞族領導人宣佈單獨成立“波黑塞爾維亞人民共和國。”1992年2月舉行全民投票以尋求獨立。1992年3月初，全民公決贊成波黑共和國獨立，但該共和國中的塞族人進行了抵制。波黑塞族人隨即在塞爾維亞的支持下以武力方式尋求加入塞爾維亞，內戰爆發。波黑內戰中共有二十萬人死亡，超過二百萬人流離失所。1992年4月6日，波黑塞族人“議會”宣佈“塞爾維亞共和國”獨立。1992年4月爆發了曠日持久的波黑內戰。1992年5月22日，聯合國接納波黑共和國為正式成員國。1994年3月，波黑穆斯林族和克羅地亞族達成協議，合併為穆－克聯邦，並同克羅地亞共和國組成聯邦。1995年3月6日克羅地亞和波黑、穆克聯邦簽訂建立三方聯合司令部協議。1995年12月14日，解決波黑衝突的《波黑和平協議》正式簽字儀式在法國總統府愛麗捨宮隆重舉行。波黑總統伊澤特貝戈維奇、克羅地亞總統圖季曼和塞爾維亞總統米洛捨維奇在《波黑和平協議》（代頓協議）上簽了字。根據該協議，1995年11月21日，波黑劃分為穆克聯邦和波黑塞爾維亞共和國兩個實體，薩拉熱窩劃歸穆克聯邦統轄。12月22日，波黑政府宣佈，結束在波黑領土上的戰爭狀態。1996年9月14日，波黑進行了首次大選。國際組織對大選情況表示滿意。1996年10月3日，在法國總統希拉克的主持下，波黑共和國總統伊澤特貝戈維奇和南聯盟塞爾維亞共和國總統米洛捨維奇在巴黎簽署了一項《共同聲明》，宣佈波黑和南聯盟決定建立大使級外交關係。
　　波黑戰爭結束後，北約在波黑繼續駐紮維和部隊，2004年底起由歐盟的力量所取代。

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